Os pesquisadores da área Biotecnológica trabalham em pesquisas para prospectar compostos ou organismos e selecionar aqueles com características biológicas, químicas, fisiológicas ou genéticas importantes para a aplicação em processos e produtos industriais. Juntamente com a equipe da Bioinformática, realizam o sequenciamento de genes e/ou genomas de organismos marinhos que tenham potencial biotecnológico e produzem bibliotecas metagenômicas com o intuito de minerar sequências gênicas naturais de interesse biotecnológico, aplicando as mais modernas técnicas computacionais de otimização molecular. A equipe de Bioinformática também é responsável pela gestão de um banco de dados integrado da biodiversidade e dos parâmetros ambientais e oceanográficos estabelecidos para toda série temporal do INCT da Biodiversidade da Amazônia Azul e de dados pretéritos dos grupos de pesquisa envolvidos (Big Data).